La découverte, dans la région de Tal Edfu, au nord d'Assouan, est l'oeuvre d'une équipe archéologique américano-égyptienne, selon le ministère.
L'un des deux bâtiments découverts a été construit du temps du roi Djedkarê Isési de la cinquième dynastie, qui a régné entre 2381 et 2353 avant Jésus-Christ.
L'autre date de la sixième dynastie (entre 2323 et 2135 avant Jésus-Christ).
"Le complexe est constitué de deux bâtiments massifs contenant de nombreuses pièces et doit encore être entièrement examiné", a dit à l'AFP Ayman Ashmawy, chef du département Antiquités égyptiennes au ministère.
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"Ces constructions étaient utilisées comme bâtiments administratifs pour des équipes minières qui se rendaient dans le désert Occidental à la recherche d'or, de cuivre et de pierres précieuses", a ajouté Ashmawy.
La mission a découvert un grand nombre de sceaux qui "étaient utilisés pour sceller tout ce qui entrait ou sortait du stockage", a-t-il expliqué.
Selon les historiens, la période durant laquelle le roi Djedkarê Isési a régné, est connue pour ses expéditions visant à extraire des matériaux précieux du sol.
Parallèlement, une équipe égyptienne a trouvé une plaque funéraire en pierre calcaire de 40 cm de haut et 27 de large au temple de Kom Ombo. Ils y ont aussi trouvé une statue de 25 cm représentant une personne accroupie et deux statues du dieu Horus.