Le dernier décompte publié dans la matinée par la Commission électorale (Ceni) après dépouillement de plus de 3 millions de bulletins pour un taux de participation estimé à moins de 5 millions de votants créditait M. Rajoelina de 55,11%.
M. Ravalomanana recueillait, lui, 44,8% des suffrages, selon ces chiffres portant sur 60% des bureaux de vote du pays. Les résultats provisoires complets, avant d'éventuels recours devant la Haute-cour constitutionnelle, devraient être rendus publics par la Ceni autour de Noël.
Depuis des semaines, le duel électoral entre les deux anciens chefs d'Etat nourrit les tensions dans le pays, habitué des crises politiques depuis son indépendance de la France en 1960.
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Dès le soir du second tour mercredi, les deux candidats avaient proclamé leur victoire devant leurs partisans. "Le changement arrive demain et, dès aujourd'hui, vous pouvez dire que +Dada+ (Papa, son surnom) est élu", avait lancé mercredi Marc Ravalomanana.
"C'est le 13 (son numéro sur la liste des candidats) qui mène dans tout Madagascar", avait immédiatement riposté Andry Rajoelina. Au premier tour, ce dernier avait déjà viré en tête avec 39,23% des voix, contre 35,35% à son adversaire.
Après la publication des premières tendances jeudi, M. Ravalomanana avait dénoncé à l'AFP des "fraudes massives" et averti qu'il ne respecterait les résultats du scrutin "que s'ils correspondent à la réalité". Sûrs de leur victoire, Andry Rajoelina et son entourage avaient, eux aussi, accusé leur rival de "manipulations" et mis au défi de prouver ses allégations. "Les urnes ont parlé une bonne fois pour toute", avait tranché l'ex-ministre Hajo Andrianainarivelo.
- "Scrutin transparent" -
Le chef de la mission des observateurs de l'Union européenne (UE) a battu froid leurs affirmations en assurant vendredi n'avoir pas constaté d'irrégularités significatives. "Les Malgaches ont voté dans une atmosphère pacifique lors d'un scrutin transparent et bien organisé", s'est réjoui Cristian Preda.
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"Avant même le premier tour les candidats ont parlé de fraude massive, nous ne les avons pas constatées sur le terrain (...). Il faut leur dire, si vous les voyez, que la campagne est finie", a-t-il ajouté, ironique, "j'espère que le calme viendra une fois que les résultats seront très clairs".
Dans la même veine, l'Union africaine (UA) a félicité les "deux candidats, toute la classe politique et le peuple malgache qui, malgré les divergences (...) ont su faire preuve de retenue". Andry Rajoelina, 44 ans, ex-publicitaire et disc-jockey, entretient une rivalité féroce avec Marc Ravalomanana, 69 ans, qui a fait fortune à la tête d'un groupe laitier, depuis la crise de 2009.
Elu président en 2002, M. Ravalomanana avait alors été contraint de démissionner face à une vague de manifestations violentes fomentées par M. Rajoelina, fraîchement élu maire de la capitale Antananarivo. Ce dernier avait ensuite été installé par l'armée à la tête d'une présidence de transition qu'il a quittée en 2014.
Les deux hommes avaient été interdits de candidature à la présidentielle de 2013 dans le cadre d'un accord de sortie de crise validé par la communauté internationale. Depuis plusieurs semaines, le tour très personnel pris par le duel entre Andry Rajoelina et Marc Ravalomanana et les énormes moyens financiers qu'ils ont engagés nourrissent les craintes de troubles à la proclamation des résultats.
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Leur campagne aux allures de règlement de comptes a largement occulté les problèmes de fond du pays, un des plus pauvres du continent africain. Selon la Banque mondiale, 75% de ses 25 millions d'habitants vivent avec moins de 2 dollars par jour.