"Le bilan est désormais de 14 morts", a déclaré à l'AFP un porte-parole du ministère provincial de la Santé, Mondli Mvambi, prévenant que le nombre de victimes pourrait encore augmenter.
Selon des témoins, le train a déraillé et a pris feu après avoir percuté, dans des circonstances qui restent à éclaircir, un camion à Kroonstad, à 200 km au sud-ouest de Johannesburg.
"On craint qu'il n'y ait d'autres corps" dans les wagons accidentés, a ajouté Mondli Mvambi, précisant que les opérations de secours se poursuivaient.
"Il y a encore des personnes dans les wagons, ceux qui étaient en feu", a déclaré à l'AFP un responsable de la compagnie ferroviaire, Leboho Mokhalipha, alors que de la fumée noire continuait à s'échapper des wagons qui ont déraillé.
Des blessés étaient soignés sur place et d'autres hospitalisés.
Le train, qui transportait plusieurs centaines de passagers, effectuait la liaison entre Port Elizabeth (sud) et Johannesburg.
Les causes du drame n'ont pas encore été déterminées. Le chauffeur du camion a été hospitalisé et des tests d'alcoolémie vont être effectués.
Cet accident intervient pendant la période des grandes vacances scolaires en Afrique du Sud.
Le dernier grave accident de train en Afrique du Sud, en 2015, avait fait 15 morts : un minibus était tombé sur une voie ferrée et avait percuté un train.
En 1994, 64 personnes avaient été tuées lors du déraillement d'un train près de Durban (nord-est).