Le groupe jihadiste et l'armée se sont affrontés lundi à Metele, un village de l'État de Borno (nord-est), a annoncé l'armée dans un communiqué diffusé sur Twitter.
Sept soldats sont morts et 16 ont été blessés, selon l'armée.
Mais des militaires et miliciens faisaient état d'un bilan plus lourd. "Nous avons perdu 18 hommes dans les combats qui ont duré sept heures", a déclaré à l'AFP un officier militaire depuis Maiduguri, la capitale de Borno.
"Nos hommes se sont battus et ont porté des coups sévères aux terroristes mais ils ont été submergés par l'ennemi qui a envahi la base", a précisé sous couvert d'anonymat l'officier, interdit d'évoquer l'incident.
Une milice civile locale qui aide l'armée à lutter contre les jihadistes a déclaré mardi que 18 corps avaient été transportés dans la ville de garnison de Monguno, à 120 kilomètres de la base prise pour cible.
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Boko Haram a subi de "lourdes" pertes mais a réussi à envahir la base et prendre des armes, a indiqué un milicien, ajoutant que les jihadistes ont détruit "celles qu'ils n'ont pu emporter."
Boko Haram, également appelé État islamique en Afrique de l'Ouest, faction soutenue par l'organisation État islamique, est actif dans la zone du lac Tchad, où il a multiplié depuis quelques mois les attaques de bases militaires.
Plus de 27.000 personnes ont été tuées depuis le début de l'insurrection jihadiste en 2009, qui a provoqué une crise humanitaire avec 1,8 million de déplacés.