Cette chrétienne copte âgée de 74 ans, Soad Thabet, avait été exposée nue par une foule de miliciens autoproclamés à la suite de rumeurs selon lesquelles son fils aurait eu une liaison avec une musulmane.
L'incident avait eu lieu dans le village d'al-Karm, situé dans le gouvernorat de Minya, à environ 300 kilomètres au sud du Caire. Des maisons de familles chrétiennes avaient été incendiées et des habitants avaient appelé à l'expulsion des Coptes.
Ces chrétiens égyptiens sont la plus grande minorité religieuse dans la région. Ils constituent selon les estimations entre 10% et 15% des quelque 100 millions d'habitants que compte l'Egypte, un pays très majoritairement musulman.
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Les trois accusés, un père et ses deux fils, ont été acquittés alors que lors d'un premier procès ils avaient été condamnés à dix ans de prison.
Le verdict de jeudi peut encore faire l'objet d'un appel, a déclaré la source judiciaire.
La victime des sévices a déploré le verdict d'acquittement dans des déclarations au quotidien copte local Watani.
"Après toutes ces années, comment peuvent-ils être laissés libres après qu'ils m'ont déshabillé et exposée aux regards de tous ? Dieu me rendra mes droits", a dit Soad Thabet.
Une importante association de défense des droits de l'homme, l'Initiative égyptienne pour les droits personnels (EIPR), a condamné l'acquittement et a appelé le parquet à faire appel.
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"Les auteurs d'attaques sectaires doivent être tenus responsables de leurs actions afin qu'éviter leur répétition", a déclaré l'association dans un communiqué.
Le président égyptien Abdel Fattah al-Sissi a qualifié les violences sectaires d'"inacceptables".
Les Coptes sont depuis longtemps victimes de discriminations dans la vie publique en Egypte.
De plus, l'organisation jihadiste Etat islamique a commis ces dernières années de nombreuses attaques contre des Coptes, incendiant des églises et faisant des dizaines de morts.