Cinq personnes ont également été blessées dans l'incendie qui s'est déclaré au sein d'un hôpital de la ville d'Obour, proche de la capitale.
Les causes de l'incendie n'ayant pas été déterminées dans l'immédiat, "le parquet a ouvert une enquête", selon les mêmes sources.
Les pompiers ont été envoyés sur place et ont maîtrisé les flammes, d'après des médias locaux.
L'Egypte, pays de 100 millions d'habitants, a enregistré officiellement 130.126 cas de nouveau coronavirus, dont plus de 7.300 décès.
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La pandémie a durement mis à l'épreuve les infrastructures et le système de santé égyptiens, déjà vétustes et submergés par le nombre croissant de cas.
Des syndicats de soignants avaient mis en garde contre un possible effondrement total du système sanitaire.
En juin, un incendie avait eu lieu dans un hôpital d'Alexandrie (nord), tuant sept patients atteints du Covid-19 et en blessant sept autres.