Cette décision intervient trois jours avant la conférence du Congrès national africain (ANC) au pouvoir, qui doit choisir le successeur de Zuma à sa tête.
Le chef de l'Etat avait saisi la justice pour obtenir l'annulation d'un rapport officiel très compromettant pour lui.
Ce document met notamment en lumière l'implication d'une puissante famille d'hommes d'affaires, les Gupta, dans la gestion des affaires de l'Etat sud-africain, de la nomination de ministres aux pressions pour obtenir des contrats publics.
Dans ses conclusions, l'auteur du rapport, l'ex-médiatrice de la République Thuli Mandosela, réclamait une commission d'enquête sur le sujet, que le président a toujours refusé.
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Mercredi, la Haute Cour de Pretoria a donné tort au chef de l'Etat, estimant qu'il avait fait preuve d'une "grave imprudence" en réclamant l'annulation du rapport.
Le "comportement" de Jacob Zuma "n'est pas à la hauteur de ce qu'on attend d'un chef de l'Etat chargé de soutenir les institutions démocratiques" comme celle du médiateur de la République, a estimé dans sa décision le juge Dunstan Mlambo.
"Le rapport de la médiatrice a révélé des niveaux inquiétants de malversations et de corruption au mépris absolu de la bonne gouvernance", a encore asséné le magistrat.
En plus de demander l'annulation de ce document embarrassant, Jacob Zuma avait également tenté d'en interdire la publication.
Dans un autre jugement, le même tribunal lui a ordonné de payer personnellement les frais engagés pour son action en justice.
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"L'attitude du président s'apparente à une tentative d'entrave du travail constitutionnel de la médiatrice", a estimé le juge Mlambo. Elle "ne laisse aucune autre option" que d'exiger du président qu'il "paie lui-même de sa poche tous les frais" judiciaires.
Le président Zuma, au pouvoir depuis 2009, a vu sa réputation ternie par de nombreux scandales auxquels il a toujours réussi à survivre politiquement.
L'ANC se réunit à partir de samedi pour élire son successeur à la tête du parti. Cette bataille oppose l'ex-épouse du chef de l'Etat, Nkosazana Dlamini Zuma, ex-patronne de l'Union africaine (UA), à l'actuel vice-président Cyril Ramaphosa.
