L'accord de paix "n'accorde pas l'amnistie et attache de l'importance à la lutte contre l'impunité", explique la présidence dans un communiqué publié jeudi soir.
"Les accords de paix n'ont en aucun cas valeur de traités internationaux . Ils sont au contraire soumis à la constitution", a-t-elle ajouté, soulignant néanmoins le contexte "exceptionnel" et "transitoire" de ce type d'accord.
Le 24 mars, plusieurs leaders de groupes armés qui controlent une grande partie du pays ont été nommés à des postes de conseillers militaires spéciaux à la primature dans le cadre de cet accord.
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Depuis, des opposants politiques, ONG et chercheurs ont fait part de leur crainte d'une amnistie générale et ont vivement critiqué ces nominations.
Dans un communiqué publié mercredi, l'ONG Human Rights Watch (HRW) a appelé les procureurs de la République Centrafricaine "à mener des enquêtes sur les leaders de milices récemment affectés à des postes gouvernementaux."
"Certains ont dirigé des groupes armés responsables d’atrocités généralisées au cours des dernières années, dont des crimes de guerre et de possibles crimes contre l’humanité", a déclaré l'organisation de défense des droits de l'homme.
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Selon elle, activistes et victimes ont exprimé de "vives inquiétudes quant à la possibilité que l’accord puisse être instrumentalisé pour exclure toute justice pour les crimes passés".
L'accord de Khartoum, soutenu par tous les partenaires de Bangui et préparé depuis 2017 par l'Union africaine, est le huitième signé depuis le début de la crise marquée par le renversement en mars 2013 du président François Bozizé.
Riche en ressources naturelles, la Centrafrique est déchirée par la guerre, qui a forcé près d'un quart des 4,5 millions d'habitants à fuir leur domicile.
