Le Conseil militaire de transition a lui démenti toute "dispersion par la force" du sit-in.
"Il n'y a plus rien à part les corps des martyrs que nous ne pouvons pas sortir", a avancé l'Alliance pour la liberté et le changement (ALC), fer de lance de la contestation.
Dans son dernier bilan provisoire, le Comité central des médecins, proche de la contestation, compte "plus de 30 morts" et "des centaines de blessés".
L'organisation a évoqué des "difficultés à comptabiliser le nombre réel de morts à cause de l'encerclement des hôpitaux" par les forces de sécurité. "Des médecins ont été frappés et arrêtés", selon elle.
En réaction, l'Association des professionnels soudanais (SPA), acteur clé de l'ALC, a appelé la population à sortir mardi, jour de la fête de l'eid de fin du ramadan selon elle, pour "prier pour les martyrs" et pour "manifester pacifiquement" après la prière.
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La date officielle de l'eid el-Fitr a néanmoins été fixée à mercredi 5 juin, selon l'agence de presse Suna.
Le secrétaire général de l'ONU Antonio Guterres a condamné lundi l'usage excessif de la force par les autorités soudanaises et a appelé à une enquête indépendante.
Le Royaume-Uni et l'Allemagne ont pour leur part demandé une réunion du Conseil de sécurité de l'ONU. Cette réunion, à huis clos, devrait se tenir mardi, selon des diplomates.
Depuis le 6 avril, des milliers de manifestants campaient devant le siège de l'armée appelant les militaires à renverser le président Omar el-Béchir. Depuis son éviction par l'armée le 11 avril, les manifestants exigent un pouvoir civil et le départ des généraux.
Les rues de Khartoum étaient calmes lundi soir.
"Opération conjointe"
Dans l'après-midi, le nombreux paramilitaires des Forces de soutien rapide (RSF) ont été déployés le long des principales routes de Khartoum. Circulant en pick-up, lourdement armés, ils surveillaient les entrées des ponts sur le Nil.
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A l'aube, des tirs provenant du lieu du sit-in ont été entendus par un journaliste de l'AFP, qui avait fait état d'un déploiement important des forces de sécurité dans les rues de la capitale.
La SPA a annoncé dans un communiqué "une tentative du Conseil militaire de faire disperser le sit-in par la force".
"Nous n'avons pas dispersé le sit-in par la force", a démenti le porte-parole du Conseil militaire, le général Chamseddine Kabbashi, à la chaîne de télévision Sky News Arabia.
Les forces armées et des RSF ont mené "une opération conjointe pour nettoyer certains sites" près du sit-in, a déclaré le Conseil militaire dans un communiqué publié en fin d'après-midi, pointant des "activités illégales" sur ces lieux.
Il a assuré que les RSF comme les forces régulières étaient "ralliées à la volonté de changement" des manifestants, appelant à la reprise des négociations.
Le Conseil militaire avait récemment dénoncé des débordements autour du sit-in, les qualifiant de "menace pour la sécurité", et promis d'agir "avec détermination". La SPA l'avait accusé "de s'employer à disperser le sit-in pacifique".
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L'ALC a annoncé lundi interrompre "tout contact politique" avec le Conseil militaire. Elle a appelé à "la grève et la désobéissance civile totale et indéfinie" pour "renverser le régime".
Les relations entre les deux camps se sont tendues à la suite de l'échec le 20 mai des négociations, chaque partie souhaitant diriger la transition post-Béchir.
"Contre-révolution"
Selon le Comité central des médecins soudanais, les forces de l'ordre ont par ailleurs tiré à l'intérieur de l'hôpital Charq al Nil, près de Khartoum.
Juchés sur leurs pick-ups, plusieurs hommes en uniformes des RSF encerclaient aussi le Royal Care Hospital dans la capitale, où des dizaines de blessés étaient pris en charge dans le hall.
Le Comité des médecins a demandé le "soutien urgent" d'organisations internationales.
En réaction à la dispersion du sit-in, l'ALC a appelé dans un communiqué à des "marches pacifiques".
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Des manifestations ont eu lieu à Kassala, Gedaref, Port-Soudan (est), Sennar et Atbara (centre) où, selon des témoins, des manifestants bloquaient les rues.
A Port-Soudan, des manifestants scandaient des slogans pour "le renversement du Conseil" militaire, selon un habitant.
Dans un communiqué, Amnesty International a appelé la communauté internationale à "examiner toutes les formes de pression pacifique, y compris des sanctions ciblées" contre les autorités, les militaires étant "responsables de la violente attaque de ce matin contre des manifestants endormis".
Washington a condamné la répression "brutale et coordonnée, menée par les RSF", exhortant à la formation d'un gouvernement civil, condition pour l'établissement de meilleures relations entre les deux pays.
Pour Londres, le Conseil militaire porte "l'entière responsabilité" de cette "action scandaleuse".
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L'Union africaine et la France ont de leur côté condamné "les violences", sans accuser directement les militaires, appelant à la reprise du dialogue.
Soutiens du Conseil militaire, l'Egypte et les Emirats arabes unis n'ont pas condamné les violences mais ont appelé à la reprise du "dialogue".
"L'expérience de la région nous a appris qu'une transition ordonnée et préservant l'Etat et ses institutions est le seul moyen d'éviter des années de chaos et de déperdition", a tweeté le ministre émirati des Affaires étrangères Anwar Gargash.
L'Egypte, les Emirats et l'Arabie saoudite sont accusés par les manifestants d'appuyer une "contre-révolution" menée par les généraux. Les trois pays sont hostiles aux soulèvements populaires dans la région.
