Les 20 postes-frontières terrestres d'entrée dans le pays vont être fermé jusqu'à la mi-février, pour éviter toute "congestion".
Seuls les convois de marchandises et les personnes voyageant pour des raisons médicales ou liées à leurs études seront autorisées à les emprunter.
Cette décision intervient après que des milliers de personnes aient tenter d'entrer en Afrique du Sud, depuis le Zimbabwe voisin où un nouveau confinement a été mis en place.
Le week-end dernier, l'afflux de personnes voulant quitter le Zimbabwe avait ainsi pris de court les responsables de l'immigration au poste frontière de Beitbridge, le deuxième plus important d'Afrique du Sud, où des foules en colère avaient été bloquées dans des embouteillages.
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Alors qu'une variante plus transmissible du coronavirus est responsable d'une grande majorité des nouveaux cas, le pays de près de 59 millions d'habitants a officiellement comptabilisé plus d'1,2 million de cas de contamination dont 33.000 morts.
Quelques 4.600 décès ont déjà été enregistrés pour le seul mois de janvier.
L'Afrique du Sud devrait recevoir ses premiers vaccins, un million de doses en janvier puis un demi-million le mois suivant.
Le gouvernement espère vacciner les deux tiers de sa population d'ici la fin de l'année.
L'économie la plus industrialisée du continent, qui est aussi le pays africain le plus touché par la pandémie de coronavirus, avait renoué en décembre avec un confinement partiel.
La vente d'alcool a été interdite et le port du masque est devenu obligatoire. Un couvre-feu est en place de 21 heures à six heures du matin.
Toutes ces mesures ont été prolongées lundi, jusqu'à nouvel ordre.
