Ce projet d'une valeur de 5 milliards de dollars, financé à 90% par la Chine, a remplacé le "Lunatic Express", une ligne construite il y a plus d'un siècle par la puissance coloniale britannique, réputée pour ses longs retards et ses pannes.
Le quotidien kényan Business Daily a rapporté que le gouvernement n'avait pas remboursé les intérêts du prêt sur l'exercice clos en juin, s'attirant une amende de 1,312 milliard de shillings kenyans (10,8 millions de dollars).
Mais le secrétaire du Cabinet au Trésor, Ukur Yatani, a déclaré que cet article faisait de la "désinformation", affirmant que la situation financière de la puissance économique de l'Afrique de l'Est était "saine et robuste".
"Nous voulons déclarer catégoriquement que le Kenya n'a jamais manqué au règlement de ses obligations de service de la dette envers l'un de ses créanciers", a déclaré Yatani dans un communiqué.
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Cette ligne de chemin de fer est le plus grand projet d'infrastructure du Kenya depuis son accession à l'indépendance en 1963. Il a été lancé comme un projet phare par des dirigeants d'Afrique de l'Est pour relier leurs nations par voie ferroviaire.
Partant de Mombasa et rejoignant la ville de Naivasha, dans la vallée du Rift, via la capitale kényane Nairobi, cette ligne doit relier à terme l'Ouganda, le Rwanda, le Soudan du Sud, le Burundi et l’Éthiopie.
La ligne de chemin de fer devait être gérée par l'entrepreneur chinois pendant cinq ans avant d'être remise au gouvernement kényan.
Mais ce projet a enregistré des pertes, les analystes craignant que la tendance ne se poursuive après que le président nouvellement élu William Ruto a annulé le mois dernier une pratique qui obligeait le fret à être tranporté par voie ferrée.
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La Chine est le deuxième prêteur du Kenya après la Banque mondiale. Ce pays a financé plusieurs projets d'infrastructures coûteux qui ont soulevé des inquiétudes sur le fait que Nairobi ne s'endette plus qu'il ne peut se le permettre.
La dette publique du Kenya en juin s'élevait à 8.600 milliards de shillings (71,1 milliards de dollars), soit une augmentation de 11,5% par rapport à l'année précédente, selon des chiffres du gouvernement.
Les remboursements des intérêts sur les prêts ont cependant augmenté ces derniers mois, la valeur du shilling perdant rapidement du terrain par rapport aux devises internationales. La monnaie nationale s'échangeait à 121 shillings pour un dollar jeudi.
Yatani a assuré qu'il n'y avait pas lieu de s'alarmer. "A aucun moment le Kenya n'a été perçu comme un pays défaillant sur ses obligations de dette extérieure", a-t-il dit.