Epilogue d'une campagne aussi âpre que serrée, cette élection-marathon oppose l'actuel vice-président Cyril Ramaphosa à la candidate soutenue par M. Zuma, son ancienne épouse et ex-patronne de l'Union africaine (UA) Nkosazana Dlamini Zuma.
Ouvert tard dimanche soir, le scrutin se poursuivait lundi matin, lentement mais sans incident, avec le vote des derniers des 4.776 délégués appelés à se prononcer.
Son verdict devrait être connu plus tard dans la journée, a fait savoir le parti sans autre précision.
A l'image des débats qui ont marqué la réunion depuis son coup d'envoi samedi dans un centre de conférences de Johannesburg, le dépouillement s'annonce long et tendu.
"Ca va être très serré et les bulletins vont être comptés et recomptés", a pronostiqué auprès de l'AFP l'analyste politique Susan Booysen, spectatrice assidue des conférences de l'ANC.
Le vainqueur de ce duel au couteau pourrait devenir dans deux ans le prochain président du pays à la fin du mandat de Jacob Zuma, en cas de victoire de l'ANC aux élections générales.
Soutenu par l'aile modéré du parti, très apprécié des marchés, Cyril Ramaphosa, 65 ans, a vivement dénoncé la corruption du clan Zuma. Ancien syndicaliste reconverti en richissime homme d'affaires, il a aussi promis de relancer l'économie du pays.
Le meilleur
Au sein du parti, ses critiques lui reprochent de défendre les seuls intérêts des classes les plus aisées.
"Cyril est le meilleur candidat", a déclaré lundi après son passage dans l'isoloir un de ses partisans, Siya Kolase, 35 ans. "Il va s'occuper de la question de la corruption (...) avec lui, notre économie va pouvoir se redresser".
Le chef de la majorité parlementaire ANC, Jackson Tembu, a annoncé sur Twitter avoir voté pour l'actuel vice-président "pour sauver mon ANC et mon pays".
De son côté, Nkosazana Dlamini Zuma, 68 ans, a repris le discours de son ex-époux sur la nécessaire "transformation radicale de l'économie" au profit de la majorité noire.
Un quart de siècle après la chute de l'apartheid, des millions de Sud-Africains continuent à vivre dans la pauvreté.
Ses adversaires la soupçonnent d'être la "marionnette" de Jacob Zuma et de lui avoir promis l'immunité dans les nombreux scandales politico-financiers où il est accusé.
"Il est temps qu'une femme nous dirige", a estimé Arthur Raymond, un délégué de 39 ans. "Elle est capable. Elle a sa propre expérience politique", a-t-il plaidé, "vous ne pouvez pas juger quelqu'un sur son seul nom".
"Je n'ai pas dormi depuis vingt-quatre heures mais je m'en fiche", a renchéri une autre, Patience Nomodi, 62 ans, enroulée dans une couverture. "Je veux voter. Je veux qu'une femme devienne présidente avant de mourir".
Déclin
Le choix de l'ANC s'annonce déterminant pour son avenir.
Son étoile a sérieusement pâli depuis sa victoire aux premières élections libres de l'histoire de l'Afrique du Sud en 1994 et l'arrivée au pouvoir de son icône Nelson Mandela.
Affaibli par la crise économique et les accusations de corruption qui visent Jacob Zuma, le parti a déjà subi un sérieux revers aux élections locales de 2016 en cédant à l'opposition le contrôle de villes de premier plan comme Johannesburg et Pretoria.
"Notre échec à régler les problèmes a commencé à peser sur notre mouvement", a concédé samedi M. Zuma dans son discours d'adieu de chef du parti, citant "la corruption, la criminalité et l'emploi". "Les petites querelles internes (...) doivent s'arrêter", a-t-il exhorté ses "camarades".
Mais la bataille pour la succession de l'actuel chef de l'Etat a déchiré les rangs de l'ANC.
Nombre d'analystes anticipent déjà son éclatement, quel que soit le vainqueur de la course à la succession, et lui prédisent une défaite historique aux élections générales de 2019.
L'issue du scrutin à l'ANC est également attendue avec impatience par les marchés financiers, qui s'inquiètent depuis des mois des "incertitudes politiques" qui pèsent sur l'économie de la première puissance industrielle du continent africain.
"Les divisions vont continuer d'agiter l'ANC en 2018", a déjà tranché l'analyste George Nicholls, du cabinet Control Risks. "Les factions rivales vont nourrir (...) l'instabilité politique et, probablement, contraindre le président Jacob Zuma à démissionner avant la fin de l'année prochaine".