Sur les six hommes condamnés à la peine capitale par un tribunal de Zagazig, au nord-est du Caire, cinq étaient jugés par contumace.
Sept autres personnes, également présentées comme appartenant aux Frères musulmans, ont été condamnées à des peines allant de cinq à 10 ans de prison.
Parmi les chefs d'accusation visant les 13 hommes figurent le meurtre de plusieurs policiers -dont le nombre n'a pas été précisé-, l'appartenance à une "organisation terroriste" et la tentative de renverser le gouvernement, selon la source judiciaire.
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Les autorités égyptiennes ont interdit la confrérie en 2013 après le renversement par l'armée du président Mohamed Morsi issu des rangs de l'organisation islamiste.
Principal mouvement d'opposition durant des décennies, elle a été classée "organisation terroriste".
Sous la présidence d'Abdel Fattah al-Sissi, élu président en 2014, des milliers d'islamistes ont été arrêtés et condamnés dans des procès de masse critiqués par les organisations de défense des droits humains.