Le communiqué ne précise pas les raisons de ce changement qui, selon un officiel nigérien interrogé par l'AFP, "était prévu bien avant les événements de Téra".
L'actuel ministre de l'Intérieur, Alkache Alhada, en poste depuis avril et qui devient ministre du Commerce, est remplacé par Hamadou Adamou Souley, jusqu'ici ministre de l'Equipement.
Originaire de la région de Tillabéri (ouest), l'une des plus touchées par la violence jihadiste, M. Souley est un proche du président Bazoum et l'ancien directeur de cabinet adjoint de l'ex-président Mahamadou Issoufou. Il a également été chef de cabinet de l'ex-Premier ministre Burgi Rafini.
D'autres ministres changent également de poste, dont celui de la Justice, Boubacar Hassan, remplacé par Ikta Aboulaye Mohamed.
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Ces changements surviennent après la mort samedi de deux personnes qui manifestaient à Téra (ouest du Niger) contre un convoi militaire français qui avait quitté le Burkina Faso - où il avait été bloqué plus d'une semaine par des manifestants anti-Français - pour se rendre à Gao, au Mali.
Le ministère de l'Intérieur avait indiqué que "le convoi de la force française Barkhane sous escorte de la gendarmerie nationale en route pour le Mali, a été bloqué par des manifestants très violents à Téra, région de Tillabéri".
Il avait ajouté, sans préciser s'il faisait référence à la gendarmerie ou à la force Barkhane, que "dans sa tentative de se dégager elle a fait usage de la force", faisant deux morts et dix-huit blessés.
"Une enquête est ouverte pour déterminer les circonstances exactes de cette tragédie et situer les responsabilités", selon le ministère.
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Cet incident est survenu au lendemain de déclarations du président Bazoum exprimant sa "reconnaissance" envers la France.
"De tous les pays qui sont engagés à nos côtés dans la lutte contre le terrorisme, aujourd'hui la France est le pays qui consent le plus de sacrifices", avait-il dit dans un entretien à la radio-télévision nigérienne.
Le Niger doit faire face aux attaques régulières et meurtrières de groupes jihadistes liés à Al-Qaïda et l'Etat islamique au Sahel dans l'ouest, et à celles de Boko Haram et de l'Etat islamique en Afrique de l'ouest (Iswap) dans le sud-est.