Et plusieurs pays voisins, également affectés, ont dénoncé ces mesures dans la journée, le président du Malawi allant même jusqu'à les juger "afrophobes".
Le président sud-africain Cyril Ramaphosa s'est dit "profondément déçu" par ces fermetures de frontières qui représentent à ses yeux une forme de "discrimination à l'égard de notre pays" et de ses voisins.
Ces restrictions contredisent aussi frontalement les engagements du G20 à Rome le mois dernier en faveur du tourisme et des voyages internationaux, a poursuivi Ramaphosa, au ton sévère mais posé, dans un discours télévisé.
Elles ne font qu'"endommager davantage nos économies et saper notre capacité à répondre et à nous remettre de la pandémie", a-t-il dit.
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Le président du Malawi, Lazarus Chakwera, qui assure actuellement la présidence tournante de la SADC (qui regroupe seize pays d'Afrique australe), avait auparavant estimé que les restrictions "unilatérales de voyage imposées" à ces pays par "la Grande-Bretagne, l'Union européenne, les Etats-Unis, l'Australie et d'autres n'ont pas lieu d'être".
"Nous sommes tous inquiets au sujet du nouveau variant du Covid et nous devons remercier les chercheurs sud-africains qui l'ont identifié avant quiconque", a-t-il estimé. "Mais les décisions concernant le Covid doivent s'appuyer sur des faits scientifiques, pas sur de l'afrophobie".
Le nouveau variant a été classé "préoccupant" par l'OMS, qui a pourtant déconseillé les restrictions sur les voyages, estimant qu'il faudra "plusieurs semaines" pour comprendre la virulence d'Omicron. L'organisation a appelé dimanche à ce que "les frontières restent ouvertes", se tenant "aux côtés des pays africains".
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L'OMS a également appelé les dirigeants du monde entier à "adopter une approche scientifique", basée sur "l'évaluation des risques" avant de décider de nouvelles restrictions.
En Afrique australe, seul l'Angola a annoncé dimanche la suspension des liaisons aériennes avec la plupart de ses voisins.
Au Botswana, le ministre des Affaires étrangères Lemogang Kwape, sans citer l'Angola, a insisté sur la nécessaire "solidarité" régionale. "Nous ne voulons pas géo-politiser ce virus", a-t-il affirmé.
Vaccination, "outil puissant"
Ramaphosa s'est par ailleurs livré à un exercice de pédagogie pour convaincre ses concitoyens de la nécessité et de l'urgence à se faire vacciner dans un pays où des millions affichent encore de fortes réticences.
Évoquant la hausse régulière ces derniers jours du nombre de nouveaux cas confirmés, notamment autour de Johannesburg et Pretoria, il a confirmé que le pays se dirigeait vers une quatrième vague "dans les prochaines semaines, si ce n'est plus tôt".
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Mais loin d'être une fatalité, "nous avons un outil puissant, ça s'appelle la vaccination!", a rappelé avec force le président.
Alors que la détection d'Omicron isole le pays depuis vendredi, et en attendant d'en savoir plus sur sa transmissibilité et dangerosité, les Sud-Africains devraient se vacciner pour éviter "les hospitalisations, les formes graves de la maladie, la mort".
Seuls 23,8% des Sud-Africains sont complètement inoculés. Beaucoup plus que dans le reste de l'Afrique, mais bien moins que la moyenne mondiale.
Pour l'économie aussi, il a appelé les non-vaccinés "à le faire sans délai" et à motiver leur entourage. "Trop de gens encore expriment des doutes".
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Une équipe dédiée au gouvernement planche sur l'idée d"une vaccination "obligatoire pour certaines activités et dans certains lieux". "Ce serait une mesure difficile et complexe" mais si nous n'agissons pas "avec sérieux et une certaine urgence", les Sud-Africains resteront "vulnérables aux nouveaux variants", a-t-il prévenu.
Près des trois quarts des cas de Covid signalés récemment en Afrique du Sud sont dus au variant Omicron. Les chiffres restent relativement bas, autour de 3.000 nouveaux cas positifs ces derniers jours, loin derrière les chiffres officiels de plusieurs pays européens notamment.
Le Botswana, seul pays africain à avoir déclaré des cas d'Omicron avec l'Afrique du Sud, a détecté jusque-là 19 infections au nouveau variant, a annoncé dimanche soir le ministre de la Santé Edwin Dikoloti.
