Outre les cinq morts dont un enfant, deux personnes sont également portées disparues, l'une à Kasserine (ouest), l'autre à Zaghouan (nord-est), selon le dernier bilan en date du ministère de l'Intérieur, jeudi.
Dans certaines régions, l'eau est parfois montée à près de deux mètres pendant la nuit, dévastant maisons et échoppes.
Ainsi à M'Hamdia, bourgade rurale à 15 km au sud de Tunis, des familles entières ont passé la nuit de mercredi à jeudi sur leur toit, pour échapper aux crues touchant le quartier du Khrib.
"J'ai dormi avec mes trois enfants à l'étage en construction au-dessus de ma maison, exposée au vent et à la pluie", lance une habitante. "J'ai tout perdu".
Dans ce quartier populaire où l'on s'enfonce dans la boue parfois jusqu'au genou, les résidents tentent de sortir de leurs maisons leurs maigres possessions détrempées, a constaté un photographe de l'AFP. Plusieurs voitures ont été emportées.
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Ils ne cachent pas leur exaspération affirmant que les crues sont récurrentes ces quinze dernières années.
Colère
Entre mercredi et jeudi matin, il a plu 98 mm sur M'Hamdia et 110 mm sur la capitale Tunis, un épisode "inhabituel mais pas exceptionnel", selon l'Institut national de la météorologie tunisien (INM), qui prévoit toutefois une accalmie pour les jours à venir.
De nombreuses routes et certaines lignes ferroviaires sont coupées jeudi, les écoles du grand Tunis et de plusieurs autres régions sont restées fermées, tandis qu'on pataugeait même dans le centre de la capitale.
Deux personnes ont péri dans la région du Kef (nord-ouest), une à Grombalia (nord-est), un homme à Kasserine (ouest) et un enfant de six ans dans la région voisine de Sidi Bouzid (centre), selon le ministère de l'Intérieur.
Ces crues interviennent moins d'un mois après des pluies torrentielles qui avaient fait au moins cinq morts au Cap Bon, dans le nord-est de la Tunisie.
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Les précipitations de mercredi soir ont été deux fois moindres que celles enregistrées le 22 septembre au Cap Bon, mais la situation a été aggravée par les mêmes facteurs.
La population se plaint du mauvais entretien des évacuations d'eau, des constructions anarchiques ou de l'obstruction des oueds pourtant cruciaux pour canaliser les fortes montées d'eau.
Dans le quartier du Khrib de M'Hamdia, construit entre deux oueds, il existe ainsi un bassin destiné à canaliser le trop plein de pluie en cas d'intempéries.
Mais sur ses quatre déversoirs, trois ont été cimentés par un riverain qui a construit à proximité, selon des habitants et l'eau a donc débordé dans les rues du quartier au lieu de se déverser vers des zones en théorie libres de construction.
Le maire de M'hamdia, qui avait fait part à la radio jeudi de son impuissance, a été pris à partie lorsqu'il s'est rendu dans le quartier.
Près de six mois après les premières élections municipales organisées depuis la chute de Zine el Abidine Ben Ali en 2011, les Tunisiens attendent beaucoup des nouveaux élus locaux, après des années de gestion ultra-centralisée et défaillante.
Ces derniers jours, des orages violents suivis d'inondations ont également fait 14 morts sur le pourtour méditerranéen français, dans le département de l'Aude.