Après plusieurs jours d'incertitudes et de fortes pressions politiques, Ramaphosa a annoncé avoir accepté de se séparer de Nene, considéré comme un de ses proches.
Il "m'a fait parvenir ce matin une lettre de démission dans laquelle il me demande de le relever de ses fonctions (...) j'ai décidé d'accepter cette démission", a-t-il déclaré devant la presse au siège du Parlement au Cap (sud).
Cette démission intervient juste après l'annonce de l'ouverture d'une enquête administrative sur Nene, qui avait reconnu la semaine dernière s'être entretenu avec un trio de sulfureux hommes d'affaires proches de l'ex-président Jacob Zuma.
Ce témoignage "l'a détourné de son important devoir de servir le peuple d'Afrique du Sud au moment où nous travaillons précisément à rétablir la confiance du public envers son gouvernement", a justifié le chef de l'Etat.
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Le ministre "n'a été directement impliqué dans aucun méfait" et a "toujours défendu la cause de la bonne gestion financière et de la gouvernance propre", a-t-il tenu à ajouter.
La démission du ministre des Finances constitue un revers politique pour le nouveau chef de l'Etat, qui s'est fait fort depuis son arrivée au pouvoir en début de l'année d'éradiquer la corruption et de relancer l'économie du pays.
Une première fois titulaire du portefeuille des Finances en 2014, Nene en a été écarté en décembre 2015 par Zuma. Il l'a retrouvé il y a huit mois, nommé par Ramaphosa.
Depuis plusieurs jours, les rumeurs allaient bon train sur le sort de Nhlanhla Nene, 59 ans, nourrissant l'inquiétude des investisseurs et des marchés financiers.
L'affaire a démarré mercredi dernier, lorsque le ministre a raconté à une commission d'enquête qu'il avait été remercié par Zuma pour avoir refusé la signature d'un juteux contrat nucléaire favorable aux frères Gupta, proches de Zuma.
Témoignage
L'ancien chef de l'Etat a été contraint à la démission en février, poussé vers la sortie par son parti en raison de nombreux scandales de corruption dans lesquels il est mis en cause. Il a toujours ces accusations.
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Lors de son témoignage, le ministre a également reconnu avoir rencontré les Gupta à leur domicile.
Mais il a catégoriquement nié les accusations d'un parti d'opposition, les Combattants pour la liberté économique (EFF, gauche radicale), qui l'accuse d'arrangements douteux avec le trio lorsqu'il était vice-ministre des Finances puis patron du fonds de pension des fonctionnaires (PIC).
Le lendemain, Nene a publié une lettre pour s'en excuser, concédant une "faute et une "erreur de jugement".
"Je vous dois, en tant que serviteur de l'Etat, une conduite irréprochable (...) Ces visites jettent un doute sur ma conduite. Je les regrette profondément et demande votre pardon", a-t-il écrit.
Loin de calmer les critiques, son courrier n'a fait que relancer les accusations et les appels au départ du ministre.
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"Le maintenir à son poste de ministre des Finances n'est pas dans l'intérêt de l'Afrique du Sud", a insisté lundi le porte-parole des EFF, Mbuyiseni Ndlozi, "le Trésor ne peut pas être dirigé par une personne dépourvue d'intégrité".
Mardi à la mi-journée, le bureau de la médiatrice de la République, une institution administrative chargée de contrôler les pouvoirs publics en Afrique du Sud, avait annoncé s'être saisie du cas de Nene, à la demande de l'opposition.
"La médiatrice va enquêter sur les allégations de conduite frauduleuse qui visent le ministre des Finances", a déclaré à l'AFP sa porte-parole, Oupa Segalwe.
L'ancien gouverneur de la Banque centrale, Tito Mboweni, a été aussitôt nommé et investi pour succéder à Nene.