Malgré un accord de paix en 2015, les violences persistent, se propageant vers le sud et vers des pays voisins.
- Les jihadistes s'emparent du Nord
Le 17 janvier 2012, la rébellion touareg du Mouvement national de libération de l'Azawad (MNLA) et d'autres combattants, pour beaucoup rentrés de Libye, lancent une offensive dans le Nord, marquée notamment par le massacre d'Aguelhok, où des dizaines de soldats sont tués.
Le 22 mars, des militaires renversent le président Amadou Toumani Touré, accusé d'"incompétence" face aux rebelles.
Fin mars, les Touareg, vite évincés par leurs alliés islamistes associés à Al-Qaïda au Maghreb islamique (Aqmi), prennent le contrôle des capitales des régions du Nord: Kidal, Gao puis Tombouctou.
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Au nom de la charia, les jihadistes pratiquent amputations et lapidations, interdisent le football, la musique, l'alcool... Ils détruisent aussi des mausolées de saints musulmans à Tombouctou, qui seront ensuite reconstruits grâce à l'Unesco.
- Opérations Serval et Minusma
Le 11 janvier 2013, la France lance l'opération Serval pour enrayer la progression des jihadistes, qui évacuent trois jours plus tard les grandes villes du Nord après des bombardements. La France engage des troupes au sol.
Fin janvier, les soldats français et maliens reprennent Gao, puis entrent sans combat dans Tombouctou, avant de prendre le contrôle de l'aéroport de Kidal, zone ensuite "sécurisée" par quelque 1.800 Tchadiens.
Trois semaines après le début de l'intervention française, le président François Hollande est accueilli en libérateur à Bamako et Tombouctou.
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Le 1er juillet, la Mission intégrée des Nations unies pour la stabilisation au Mali (Minusma) est lancée, prenant le relais d'une force panafricaine.
- IBK élu, Barkhane remplace Serval
Le 11 août 2013, Ibrahim Boubacar Keïta, dit "IBK", est élu président avec 77,6% des voix au second tour face à Soumaïla Cissé, qu'il retrouve à nouveau dimanche face à lui.
Le 2 novembre, les journalistes de RFI Ghislaine Dupont et Claude Verlon sont enlevés à Kidal puis tués, un acte revendiqué par Aqmi.
En mai 2014, des groupes rebelles touareg et arabes reprennent le contrôle de Kidal au terme d'affrontements qui se soldent par une cuisante défaite pour l'armée malienne, à la suite d'une visite du Premier ministre Moussa Mara.
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Le 1er août, Serval est remplacée par Barkhane, qui mobilise initialement 3.000 soldats français à travers le Sahel, pour atteindre ensuite 4.500.
- Attaques et accord de paix
A partir de 2015 se multiplient les attaques contre les forces maliennes ou étrangères, ainsi que des lieux fréquentés par des étrangers.
Le 7 mars, un attentat contre un bar-restaurant à Bamako, le premier visant des Occidentaux dans la capitale, fait cinq morts.
L'attaque est revendiquée par Al-Mourabitoune, le groupe jihadiste de l'Algérien Mokhtar Belmokhtar, tout comme, le 20 novembre, l'attentat contre l'hôtel Radisson Blu de Bamako, qui fait 20 morts dont 14 étrangers. Depuis, l'état d'urgence est imposé quasiment sans interruption dans le pays.
Un accord de paix est signé le 15 mai par le gouvernement et la médiation internationale, puis le 20 juin par l'ex-rébellion.
Le 18 janvier 2017, une attaque suicide à Gao contre un camp de regroupement de combattants des groupes signataires de l'accord de paix et de militaires maliens, en vue de la refondation d'une armée malienne unitaire, fait une cinquantaine de morts.
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En mars 2017, les jihadistes liés à Aqmi, dont Al-Mourabitoune et le mouvement du prédicateur radical peul Amadou Koufa, apparu en 2015 dans le centre du Mali, se fédèrent au sein du "Groupe de soutien à l'islam et aux musulmans", dirigé par le chef islamiste touareg Iyad Ag Ghaly.
Cette coalition a revendiqué la plupart des attentats depuis, dont celui du 14 avril 2018 à Tombouctou contre le camp de Barkhane et de la Minusma, par son envergure la plus vaste attaque contre cette dernière depuis juillet 2013, selon l'ONU.
Elle revendiquera également l'attaque du 29 juin contre le quartier général de la force antijihadiste des pays du G5 Sahel à Sévaré (centre), qui fait trois morts, outre deux assaillants.