Les affrontements, qui ont eu lieu dans les communes rurales de Soye et Femaye, à mi-chemin entre Mopti et Djenné, les principales villes de la zone, ont fait "environ une vingtaine de morts" dans chaque camp, ont affirmé les services du gouverneur dans un communiqué.
"Tout est parti d'un antagonisme entre deux frères, dont l'un est chasseur et l'autre évoluant avec les présumés groupes jihadistes", selon le gouvernorat.
Une source sécuritaire a pour sa part affirmé à l'AFP que les affrontements ont éclaté après que les chasseurs traditionnels ont décidé de "reprendre" et de rendre aux populations une partie du riz prélevé au titre de l'impôt islamique (zakat) par les jihadistes.
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"C'est le lundi 12 avril que les affrontements ont commencé, les terroristes ont incendié deux villages, avant d'attaquer (le village de) Maribougou", a déclaré à l'AFP Sidiki Diarra, porte-parole des chasseurs traditionnels de Mégou, dans la région de Djenné.
"Nous avons perdu beaucoup de chasseurs (et) les rescapés se sont déplacés vers des villages voisins", a ajouté Diarra.
Des renforts de l'armée malienne ont été déployés, selon le gouvernorat.
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Le centre du Mali est pris dans un tourbillon de violences depuis l'apparition en 2015 d'un groupe jihadiste mené par le prédicateur peul Amadou Koufa, affilié à Al-Qaïda au Maghreb islamique (Aqmi), qui a largement recruté dans cette communauté.
Les affrontements se sont multipliés entre ces jihadistes et des milices autoproclamées d'autodéfense créées en réaction par des membres des ethnies bambara et dogon, notamment en s'appuyant sur les chasseurs traditionnels "dozos", souvent accusées d'exactions envers les civils, notamment peuls.