Les cours en présentiel n'ont repris que partiellement depuis la réouverture des écoles en juin dernier, après plus de deux mois d'enseignement à domicile pour tenter de freiner la propagation du Covid-19.
Les écoles publiques ont de nouveau été fermées pendant des courtes périodes - avec une rentrée retardée de l'année universitaire 2021 - et la plupart des étudiants ne peuvent encore se rendre en cours que par rotation pour éviter un surpeuplement.
Les interruptions de cours ont impacté la fréquentation des établissements scolaires, avec 10.000 enfants de moins, âgés de 7 à 14 ans, inscrits à l'école en 2021, selon des chiffres préliminaires du Department of Basic Education (DBE).
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Le nombre d'inscriptions était également inférieur de 25.000 par rapport aux attentes pour les enfants âgés de quatre à six ans.
"Les fermetures sans précédent de nos écoles et les perturbations imprévues de l'enseignement et de l'apprentissage ont entraîné une perte des acquis réalisés au cours des 20 dernières années", a déclaré M. Motshekga lors d'une conférence de presse.
Les zones rurales pauvres et les townships qui ont un accès limité à internet ont été fortement touchées.
"Si les enfants ne sont pas en contact avec les enseignants, en particulier les enfants issus de communautés défavorisées, l'apprentissage ne se passe pas comme il devrait l'être", a déclaré Martin Gustafsson, chercheur au DBE, lors de la même conférence de presse.
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Il a ajouté que les enfants du primaire n'étaient en classe que trois jours par semaine en moyenne et ont déjà manqué la moitié de l'apprentissage prévu cette année.
L'Afrique du Sud est le pays du continent le plus touché par le Covid-19, qui compte déjà plus de 2,7 millions de cas et plus de 81.000 morts.
Ce pays dont l'économie était déjà en récession avant la pandémie, avait mis en place dès mars 2020 l'un des confinements les plus stricts du monde.
La campagne de vaccination a démarré avec difficulté en février. Le pays n'a vacciné à ce jour qu'un peu plus de 14% de sa population de 59 millions.