La justice lui reproche d'avoir affirmé que l'Union européenne a donné 118 milliards de Fcfa pour la lutte contre l'émigration clandestine sans que l'on ne sache à quoi cet argent a servi, puisque les jeunes Sénégalais continuent de mourir dans l'Atlantique en direction de l'Espagne.
C'est en venant de Madrid qu'il sera d'ailleurs arrêté à l’Aéroport international Blaise Diagne (Aibd) de Diass. Le défenseur des migrants aurait laissé entendre que les fonds n'ont servi qu'à l'enrichissement personnel de dirigeants du pays.
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Au Sénégal, beaucoup sont mobilisés pour la libération de cet activiste des droits de l'Homme, d'autant que juste après son arrestation, un rapport d'un cabinet allemand a publié un rapport confirmant l'absence de résultats concrets malgré les fonds injectés par l'Union européenne pour lutter contre l'émigration clandestine.
Cela n'a pas empêché les membres du gouvernement de défendre l'arrestation de Boubacar Sèye. Le secrétaire d’Etat aux droits humains, Mamadou Saliou Sow, estime que les propos de Boubacar Sèye ternissent plus l’image du Sénégal que son arrestation et qu’il devra fournir les preuves de ses allégations, sans quoi, la loi sera appliquée dans toute sa rigueur.
