"Je ne suis pas d'accord avec ceux qui disent que (cette) enquête n'est pas urgente", a affirmé Mme Madonsela lors d'une conférence de presse depuis ses bureaux dans la capitale Pretoria.
"Cette question a créé tant de fractures au sein du gouvernement et du pays qu'il est nécessaire que l'enquête soit faite et rapidement pour dissiper tous les nuages", a-t-elle ajouté.
La médiatrice devait dévoiler lors de cette conférence de presse un rapport potentiellement explosif sur la famille d'hommes d'affaires Gupta, soupçonnée d'avoir imposée au chef de l'Etat la nomination de ministres ou de chefs d'entreprises publiques.
Mais M. Zuma a saisi jeudi la justice pour empêcher sa publication.
"Nous avons volontairement accepté de ne pas publier ce rapport à cause des recours judiciaires", a justifié Mme Madonsela.
"Ce n'est pas parce que parfois on a affaire à des gens sournois qu'il faut être nous-même sournois", a-t-elle poursuivi, précisant ensuite qu'elle ne visait pas particulièrement le président Zuma.
Outre celle du président, la justice a aussi été saisie vendredi de plusieurs autres requêtes destinées à empêcher ou au contraire imposer la publication du rapport.
Elles seront examinées le 1er novembre par un tribunal de Pretoria.
Les accusations visant les Gupta, dont l'empire s'étend du secteur minier aux médias en passant par l'immobilier et l'ingénierie, empoisonnent depuis des mois M. Zuma.
S'il reconnaît être proche de la famille, le chef de l'Etat a toujours nié son influence dans ses décisions politiques.
Mme Madonsela a refusé vendredi de répondre à toutes les questions sur le fond de son rapport qui, a-t-elle dit, a été placé "en sûreté dans un coffre".
La médiatrice de la République, qui a interrogé M. Zuma la semaine dernière, doit quitter officiellement ses fonctions samedi au terme d'un mandat de sept ans.
Au terme d'une longue bataille juridique, elle a obtenu que le président Zuma rembourse une partie de l'argent public utilisé pour rénover sa propriété privée pour des travaux considérés comme relevant de son confort personnel.
Elu en 2009, le chef de l'Etat traverse une mauvaise passe marquée par plusieurs scandales de corruption qui suscitent des critiques au sein même de son Congrès national africain (ANC), au pouvoir depuis la fin de l'apartheid en 1994.
Le deuxième et ultime mandat de M. Zuma expire en 2019.