Chérif Gaber est actuellement en garde à vue et devrait être interrogé par le parquet dimanche, a précisé à l'AFP Gamal Eid, qui dirige le Réseau arabe d'information sur les droits de l’Homme (ANHRI). Il n'a pas précisé la date de l'arrestation.
En avril, Gaber avait twitté que "certains avocats musulmans" avaient déposé une plainte contre lui auprès du parquet.
"Je vais probablement être arrêté dans les prochains jours mais je ne veux pas que vous vous fâchiez", avait-il écrit.
Il avait déjà été détenu en 2013 pour avoir "prôné" l'athéisme.
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La loi égyptienne punit toute insulte ou manque de respect à l'égard des trois religions monothéistes que la Constitution du pays reconnaît et protège: l'islam, le christianisme et le judaïsme.
L'athéisme est largement refusé par une société égyptienne conservatrice, et les autorités religieuses du pays, musulmanes comme chrétiennes, ont à plusieurs reprises insisté sur la nécessité de le combattre.