Les transports de passagers tant privés que publics sont interdits mais les frontières resteront ouvertes pour les touristes et le transport de marchandises.
Un couvre-feu sera en vigueur de 19H00 à 05H30.
"Tous les véhicules (transportant) des passagers sont à l'arrêt", a indiqué le président Museveni lors d'une allocution télévisée.
Les commerçants, fournissant essentiellement des produits alimentaires, devront rester dans leur échoppe et ne devront pas retourner chez eux. Les usines et sites de construction ont été encouragés à garder leurs ouvriers sur les lieux de travail et les chantiers.
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Les nouvelles mesures entreront en vigueur vendredi à 22H00 et le resteront au moins pendant six semaines.
L'Ouganda avait imposé l'année dernière des mesures drastiques alors qu'il n'avait enregistré qu'une poignée de cas.
Mais l'épidémie a connu un bond au cours des dernières semaines, mettant en difficulté le fragile système de santé.
Des médecins ont confié à l'AFP que les pénuries d'oxygène et de médicaments affectaient les hôpitaux alors que les cas quotidiens ont augmenté au cours des trois dernières semaines passant de 100 à plus de 1.700.
Et ce malgré les mesures annoncées la semaine dernière dont la fermeture des écoles, des bars et de la plupart des rassemblements.
"Les hôpitaux sont pleins", a souligné Museveni warned.
L'Ouganda a enregistré 70.893 cas de Covid-19 dont 582 décès.
