La société "évalue" l'éventuelle installation dans ces deux pays d'usines pour "soutenir l'approvisionnement en vaccins des pays membres de l'Union africaine" (UA), selon un communiqué.
La décision a été prise après une recommandation en ce sens du Centre de contrôle et de prévention des maladies du continent (Africa CDC), qui dépend de l'UA.
Le directeur et co-fondateur de BioNTech, Ugur Sahin, s'est dit "confiant", après une réunion à ce sujet à Berlin, que le début des installations puisse intervenir "à un moment l'année prochaine".
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"BioNTech réaffirme son engagement de produire sur le continent africain les vaccins à ARNm contre le paludisme et la tuberculose actuellement en développement", ajoute l'entreprise, qui s'est allié à l'Américain Pfizer pour produire son vaccin contre le Covid-19.
Le laboratoire, basé à Mayence (ouest de l'Allemagne), avait annoncé fin juin qu'il comptait appliquer la technologie prometteuse de l'ARN messager au paludisme, avec des essais cliniques dès l'an prochain.
Causé par un parasite transmis par les moustiques, le paludisme reste une maladie infectieuse redoutable, particulièrement en Afrique et chez les jeunes enfants, provoquant environ 400.000 morts par an.
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"Il s'agit d'un jour historique dans notre combat pour l'accès au vaccin", a lancé le président sénégalais Macky Sall, tandis que son homologue rwandais Paul Kagame a salué, à l'issue de la réunion à Berlin, l'initiative et "la vision" de BioNTech d'installer une production en Afrique.
Actuellement, près de 1% des vaccins utilisés en Afrique sont fabriqués sur le continent. L'Union africaine veut faire grimper cette proportion à 60% d'ici 2040.