Le président Abdel Fattah al-Sissi a accepté la démission d'Amer, en poste depuis 2015 et dont le mandat courait jusqu'en 2023, et l'a ensuite nommé conseiller présidentiel, a rapporté le quotidien Al-Ahram.
Le nom de son remplaçant n'a pas été annoncé dans l'immédiat.
La livre égyptienne est actuellement à son deuxième plus bas historique, s'échangeant à 19,1 livres pour un dollar mercredi, un chiffre qui n'a été dépassé qu'une seule fois, lors de la brutale dévaluation de l'hiver 2016.
L'Egypte a encore dévalué sa monnaie le 21 mars et l'inflation est galopante. Le plus peuplé des pays arabes, premier importateur mondial de blé --principalement venu de Russie et d'Ukraine, souffre des conséquences du conflit déclenché en février.
Lire aussi : Egypte: la banque centrale augmente très fortement ses taux directeurs pour faire face à l'inflation
L'inflation atteint aujourd'hui 15% en Egypte, portée par une hausse des prix des denrées alimentaires atteignant jusqu'à 66%.
Sur les 103 millions d'Egyptiens, 30 millions sont considérés comme pauvres et autant d'autres sont dans la précarité, selon la Banque mondiale.
L'agence Moody's estime désormais que l'Egypte risque de connaître des troubles sociaux graves en raison de la crise économique. Elle a changé son évaluation de "stable" à "négatif".
Elle s'inquiète notamment de la fonte des réserves en devises, passées de 41 milliards de dollars en février à 33,1 milliards fin juillet, selon la Banque centrale. Et ce malgré le dépôt fin mars par l'Arabie saoudite, grand allié du régime de Sissi, de cinq milliards de dollars.
Le Caire est en discussions avec le Fonds monétaire international (FMI) pour un nouveau prêt, alors que le budget du pays d'environ 160 milliards de dollars est grévé par une dette publique qui atteint 90% du PIB.