Un précédent bilan faisait état d'au moins 45 morts. De nouvelles pluies "extrêmes" sont prévues dans la nuit de mardi à mercredi dans la province du Kwazulu-Natal (est), accompagnées d'"inondations généralisées", ont mis en garde les services météorologiques sud-africains.
Quarante-cinq personnes ont été tuées dans la métropole de Durban, première ville de la région, et "au moins 14 personnes ont perdu la vie" dans le district voisin d'iLembe, ont déclaré les autorités provinciales dans un communiqué.
Le président Cyril Ramaphosa a regretté "un bilan tragique" et annoncé dans un communiqué qu'il se rendra sur place mercredi.
Toute la journée, les opérations de sauvetage se sont poursuivies notamment à Durban, un des principaux ports africains ouvert sur l'océan Indien.
Un chauffeur routier a raconté à l'AFP avoir senti son camion trembler aux alentours de 01H00 GMT: "J'ai pensé que quelqu'un m'avait heurté. Mais quand j'ai ouvert le rideau, j'ai vu que c'était l'eau qui était montée".
L'ONG locale, Gift of the Givers, a décrit "des autoroutes transformées en rivières" et des personnes coincées sous des murs effondrés.
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Sur les plages populaires de la ville ouverte sur l'océan Indien, des tas de débris, branches, bouteilles en plastique, se sont amoncelés. La cuve d'un camion-citerne a été entraînée sur le bord de mer, a constaté un photographe de l'AFP.
Les fortes précipitations ont aussi entraîné des coupures d'électricité et de nombreuses routes sont bloquées. La fourniture en eau est également perturbée. Des vidéos partagées par les secouristes montrent une autoroute coupée, des voitures submergées sous l'eau et des maisons effondrées.
«De nombreuses personnes ont perdu la vie», a déclaré aux journalistes le maire de Durban, Mxolisi Kaunda, sans toutefois donner de nouveau bilan.
«Il semble que des cimetières ont été inondés», a-t-il ajouté. Une photo montrant un crâne humain ayant refait surface a été largement partagée sur les réseaux sociaux.
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Des images diffusées par la chaîne de télévision publique (SABC) ont montré des conteneurs disséminés sur une autoroute. L'ONG locale, Gift of the Givers, a décrit dans un communiqué «des autoroutes transformées en rivières» et des personnes coincées sous des murs effondrés.
La compagnie publique des chemins de fer (Prasa) a annoncé la suspension de ses services dans la région à cause des glissements de terrain et des décombres sur les voies.
Les habitants ont été appelés à éviter tout déplacement. Ceux résidant dans des zones en hauteur ont été invités à accueillir leurs voisins en contrebas touchées par les intempéries.
Les fortes pluies doivent se poursuivre encore mardi, selon les prévisions météorologiques.