Seize personnes ont été tuées et 52 blessées, a indiqué le ministère dans un communiqué.
"Tous les blessés reçoivent des soins médicaux dans les hôpitaux" de la ville, a-t-il ajouté, sans préciser le nombre de civils parmi les morts et les blessés.
Le Service des ambulances et de secours à Tripoli avait fait état vendredi de trois civils tués.
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Les combats se sont déroulés dans la nuit de jeudi à vendredi et n'ont cessé qu'en fin d'après-midi vendredi. Ils ont opposé deux groupes armés influents: la Force al-Radaa (dissuasion) et la Brigade des Révolutionnaires de Tripoli, tous deux rattachées au pouvoir exécutif.
Selon des sources locales, la détention par un groupe armé d'un combattant appartenant à l'autre camp serait l'élément déclencheur des affrontements qui ont touché plusieurs quartiers de la ville.
A la suite de ces incidents, le Premier ministre du gouvernement de Tripoli, Abdelhamid Dbeibah, a suspendu le ministre de l'Intérieur, Khaled Mazen, et chargé Bader Eddine al-Toumi, ministre de la Gouvernance locale, d'assurer l'intérim "jusqu'à nouvel ordre".
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Ces affrontements sont symptomatiques du chaos dans lequel est plongée la Libye depuis la chute du régime de Mouammar Kadhafi en 2011 et dont elle ne parvient pas à s'extirper.
Deux gouvernements se disputent par ailleurs le pouvoir depuis mars. Celui de Tripoli, mis sur orbite début 2021 sous l'égide de l'ONU pour mener la transition jusqu'à des élections qui n'ont pas encore eu lieu, et un gouvernement formé en mars et soutenu par le Parlement, qui a élu provisoirement domicile à Syrte (centre), faute de pouvoir prendre ses fonctions dans la capitale.