Arrivé mardi après-midi, Ghannouchi n'a quitté les locaux de l'unité antiterroriste de la police à Tunis que mercredi à 06H15 (05H15 GMT), a constaté un correspondant de l'AFP.
Ghannouchi, 81 ans, a été interrogé toute la nuit de mardi à mercredi par les enquêteurs de cette unité, a indiqué à l'AFP son avocat Samir Dilou.
Il doit comparaître de nouveau mercredi devant le pôle judiciaire antiterroriste, a-t-il ajouté.
Ghannouchi devait initialement être interrogé lundi mais il a attendu pendant douze heures dans les locaux de l'unité policière sans être entendu avant que son audition ne soit reportée à mardi, selon son mouvement qui a dénoncé "une forme de torture".
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Après la chute de la dictature de Zine el Abidine Ben Ali en 2011, des milliers de Tunisiens avaient rejoint les rangs d'organisations jihadistes, notamment le groupe Etat islamique (EI), en Irak, en Syrie et en Libye.
Le parti Ennahdha, pilier des gouvernements qui se sont succédé au pouvoir depuis 2011, est soupçonné par ses détracteurs et une partie de la classe politique d'avoir facilité le départ de ces jihadistes vers les zones de conflit, ce que le mouvement dément catégoriquement.
L'affaire dite de "l'expédition de jihadistes", qui fut au coeur du débat politique pendant des années, a refait surface ces dernières semaines en Tunisie. Le président Kais Saied, dont Ennahdha est la bête noire, a considérablement renforcé sa tutelle sur la Justice après s'être arrogé les pleins pouvoirs en 2021.
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Un autre dirigeant d'Ennahdha, l'ancien Premier ministre Ali Laarayedh a été interrogé lundi dans le cadre de la même affaire et maintenu en détention pour être déféré mercredi devant un juge au pôle judiciaire antiterroriste.
Ennahdha ne cesse de dénoncer des accusations "fabriquées" et accuse le pouvoir de chercher à détourner l'attention de l'opinion publique des "préoccupations économiques et sociales et de la dégradation des conditions de vie".
Ghannouchi avait déjà été interrogé en juillet dans le cadre d'une enquête pour des soupçons de corruption et blanchiment d'argent liés à des transferts depuis l'étranger vers une organisation caritative affiliée à Ennahdha.